데이터베이스는 컬렉션과 인덱스의 물리적인 모음이며, 동시에 네임스페이스다.
데이터베이스가 생성될 때 몽고DB는 몇가지 데이터 파일을 디스크에 할당한다. 모든 컬렉션, 인덱스, 메타데이터가 이곳에 저장된다.